Thời gian gần đây

Đội bóng được thăng hạng lên Giải bóng đá vô địch quốc gia Séc lần đầu tiên trong lịch sử vào năm 2004và trong cuộc chiến chống xuống hạng, họ đã trụ hạng thành công với vị trí thứ 14 chung cuộc.[1] Câu lạc bộ giành được thành công vang dội nhất vào mùa giải 2005–06, khi họ cán đích ở vị trí á quân của Giải bóng đá vô địch quốc gia Séc, qua đó kiếm một tấm vé dự các vòng sơ loại của UEFA Champions League. Họ vượt qua đối thủ đầu tiên là Vålerenga (3–1 và 2–2), nhưng rồi để thua Galatasaray (2–5 sân khách, 1–1 sân nhà), bị rớt xuống vòng một của Cúp UEFA. Câu lạc bộ tiếp tục gây bất ngờ với chiến thắng 4–3 chung cuộc trước đại diện của Pháp là Marseille (lượt đi: 0–1, lượt về 4–2). Tuy nhiên đội bóng bị loại sau khi lọt vào vòng bảng, chỉ kiếm được 3 điểm sau 4 trận thi đấu (Panathinaikos 0–1, Hapoel Tel Aviv 1–1, Paris Saint-Germain 0–0, Rapid București 1–1).

Ở mùa giải kế tiếp, câu lạc bộ giành vé vào thẳng vòng đầu tiên của Cúp UEFA sau khi kết thúc ở vị trí thứ 3 tại giải vô địch quốc gia. (Luboš Pecka là vua phá lưới của giải năm đó.) Tấm vé dự vòng bảng chỉ được đảm bảo sau khi đội đánh bại Palermo chung cuộc 4–2 trên loạt đá luân lưu, sau khi hai đội bất phân thắng bại với tỉ số 1–1 của hiệp đá chính thức. Đứng trước nguy cơ bị loại với tỉ số 1–0 trước Palermo, (bàn thắng của họ ở trận lượt đi) ở lượt về, Tomáš Sedláček đã ghi bàn quyết định để đem về chién thắng trong gang tấc. Trong trận đấu ở vòng bảng, Mladá Boleslav đánh bại IF Elfsborg 3–1, nhưng một lần nữa không thể lọt sâu vào vòng đấu loại trực tiếp của giải sau khi lần lượt để thua Villarreal 1–2, AEK Athens 0–1 và Fiorentina 1–2. Câu lạc bộ sau đó giành hạng 7 ở giải vô địch quốc gia ở mùa 2007–08, qua đó trượt vé dự cúp châu Âu.